Lange Zeit sprach nur der Kirchturm für eine ältere Baugeschichte der um 1300 erstmals erwähnten Pfarrkirche. Umfangreiche Grabungen im Kircheninneren während der jüngsten Restaurierung 1991-93 deckten jetzt weit ältere Bauzeugen auf, die in der Unterkirche zu sehen sind. So lassen sich die ältesten Spuren in der Zeit der bajuwarischen Besiedelung um 530-620 n.Chr. datieren.
Sichere Ergebnisse über die Gestalt der Kirche hat man erst über den nach einem Brand um 1200 errichteten Neubau in Form eines schlichten Rechtecks mit gerade schließendem Chor. Nach einer teilweisen Regotisierung 1901-02 und einer nur notdürftigen Instandsetzung des durch den Brand am 11. Oktober 1933 schwer geschädigten Kirchenbaues, zeigt sich jetzt die 1991-93 grundlegend restaurierte Kirche wieder in ihrem schönsten Gewand. Die Unterkirche dient den Gläubigen als Gedenkstätte für den einstigen Fließer Pfarrer Alois Simon Maass, der hier als vorbildlicher Seelsorger und Beichtvater, aber auch als Arzt und Exorzist weit über die Gemeinde hinaus bekannt war.
Gedenktafeln an der Wand erinnern neben Maass auch an zwei aus der Pfarre gebürtige Geistliche: Otto Neururer, der Pfarrer von Götzens war und für seinen Glauben im Konzentrationslager zu Tode gefoltert wurde, sowie Franz Flür, der als Priester und Missionar in Nord-Borneo durch Japanische Soldaten ums Leben kam. Die Pfarrkirche ist untertags immer geöffnet. Im Zuge von Museumsführungen wird auch die Unterkirche besichtigt.
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